Tata cara penerimaan dan pengolahan SPT Tahunan di KPP diatur dalam Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER - 48/PJ/2011 sebagai perubahan atas Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-19/PJ/2009.
Surat Pemberitahuan yang selanjutnya disebut dengan SPT Tahunan adalah Surat Pemberitahuan untuk suatu tahun pajak atau bagian tahun pajak yang meliputi SPT Tahunan Pajak Penghasilan Wajib Pajak Orang Pribadi (SPT 1770, SPT 1770 S, SPT 1770 SS), SPT Tahunan Pajak Penghasilan Wajib Pajak Badan (SPT 1771 dan SPT 1771/$), termasuk SPT Tahunan Pembetulan.
Dalam menyampaikan SPT Tahunan, Wajib Pajak dapat melakukannya dengan cara:
a. langsung;
b. melalui pos dengan bukti pengiriman surat ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) Tempat Wajib Pajak terdaftar;
c. melalui perusahaan jasa ekspedisi atau jasa kurir dengan bukti pengiriman surat ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) Tempat Wajib Pajak terdaftar;
d. e-Filing melalui website Direktorat Jenderal Pajak (www.pajak.go.id) atau Penyedia Jasa Aplikasi/Application Service Provider (ASP)
Penyampaian SPT Tahunan secara langsung dapat dilakukan di TPT atau Pojok Pajak/Mobil Pajak/ Drop Box di mana saja. Khusus untuk SPT Tahunan lebih bayar, SPT Tahunan pembetulan, dan/atau SPT Tahunan yang disampaikan setelah batas waktu penyampaian SPT harus disampaikan langsung ke TPT Kantor Pelayanan Pajak tempat Wajib Pajak terdaftar.
Berikut adalah proses penerimaan SPT Tahunan di KPP:
1. SPT Tahunan/e-SPT Tahunan yang disampaikan oleh Wajib Pajak diberikan tanda terima SPT tanpa dilakukan penelitian terlebih dahulu.
2. Dalam hal Kantor Pelayanan Pajak menerima SPT Tahunan yang disampaikan oleh Wajib Pajak yang tidak terdaftar pada Kantor Pelayanan Pajak di wilayah kerjanya, Kantor Pelayanan Pajak wajib mengirimkan SPT Tahunan tersebut kepada Kantor Pelayanan Pajak Tempat Wajib Pajak Terdaftar paling lambat dalam jangka waktu 10 (sepuluh) hari sejak SPT diterima.
3. Terhadap SPT Tahunan yang disampaikan di KP2KP maka KP2KP harus mengirimkan SPT Tahunan ke Kantor Pelayanan Pajak atasannya paling lambat dalam jangka waktu 7 (tujuh) hari sejak SPT diterima.
4. Dalam hal Kantor Pelayanan Pajak atasan KP2KP menerima SPT Tahunan yang disampaikan oleh Wajib Pajak yang tidak terdaftar pada Kantor Pelayanan Pajak di wilayah kerjanya, Kantor Pelayanan Pajak wajib mengirimkan SPT Tahunan ke Kantor Pelayanan Pajak Tempat Wajib Pajak Terdaftar paling lambat dalam jangka waktu 10 (sepuluh) hari sejak SPT diterima dari KP2KP.
Sedangkan untuk pengolahannya adalah sebagai berikut:
1. Terhadap SPT Tahunan Lebih Bayar, Kantor Pelayanan Pajak harus melakukan penelitian dalam jangka waktu paling lama 18 (delapan belas) hari sejak SPT Tahunan/e-SPT Tahunan diterima.
2. Terhadap SPT Tahunan selain SPT Tahunan Lebih Bayar, Kantor Pelayanan Pajak harus melakukan penelitian dalam jangka waktu paling lama 2 (dua) bulan sejak SPT Tahunan/e-SPT Tahunan diterima.
3. Apabila berdasarkan hasil penelitian, SPT Tahunan/e-SPT Tahunan dinyatakan tidak lengkap, Kantor Pelayanan Pajak mengirimkan Surat Permintaan Kelengkapan SPT Tahunan beserta Formulir Surat Jawaban atas Permintaan Kelengkapan SPT Tahunan kepada Wajib Pajak..
4. Apabila berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa isi amplop SPT bukan merupakan SPT Tahunan maka Kantor Pelayanan Pajak mengirimkan Surat Pembatalan Tanda Terima SPT Tahunan kepada Wajib Pajak.
5. Apabila berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa Wajib Pajak salah mengisi Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) pada lembar informasi amplop SPT Tahunan maka Kantor Pelayanan Pajak mengirimkan Surat Pembetulan Tanda Terima SPT Tahunan kepada Wajib Pajak.
6. Atas permintaan kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan, Wajib Pajak wajib menyampaikan kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan paling lambat 30 (tiga puluh) hari sejak tanggal diterimanya Surat Permintaan Kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan ke Kantor Pelayanan Pajak Tempat Wajib Pajak terdaftar.
7. Dalam hal Surat Permintaan Kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan telah dikirimkan sesuai dengan alamat Wajib Pajak namun tidak sampai kepada Wajib Pajak maka jangka waktu bagi Wajib Pajak untuk menyampaikan kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan adalah paling lambat 30 (tiga puluh) hari sejak tanggal diterimanya kembali Surat Permintaan Kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan dari pos atau perusahaan jasa ekspedisi atau jasa kurir oleh Kantor Pelayanan Pajak.
8. Apabila dalam jangka waktu menyampaikan kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan Wajib Pajak tidak menyampaikan kelengkapan SPT Tahunan/e-SPT Tahunan, maka SPT Tahunan/e-SPT Tahunan dianggap tidak disampaikan.
9. Dalam hal SPT Tahunan/e-SPT Tahunan dianggap tidak disampaikan, Kantor Pelayanan Pajak harus menyampaikan surat pemberitahuan kepada Wajib Pajak yang menyatakan bahwa SPT Tahunan/e-SPT Tahunan dianggap tidak disampaikan.
10. Terhadap SPT yang telah dilakukan penelitian dan dinyatakan lengkap, dilakukan perekaman.
11. Apabila berdasarkan perekaman diketahui bahwa Wajib Pajak menyampaikan SPT Tahunan lebih dari satu kali maka Kantor Pelayanan Pajak mengirimkan Surat Pembatalan Tanda Terima SPT Tahunan kepada Wajib Pajak.
12. Jangka waktu perekaman SPT ditetapkan paling lambat 1 (satu) bulan sejak SPT Lebih Bayar diterima lengkap atau 3 (tiga) bulan sejak SPT Kurang Bayar/Nihil diterima lengkap.
Untuk pengolahan SPT Tahunan Tahun Pajak 2008, tetap menggunakan Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-19/PJ/2009. Perbedaannya antara Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-19/PJ/2009 dengan Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER - 48/PJ/2011 adalah dalam peraturan lama:
1. SPT diterima setelah dilakukan penelitian kelengkapan;
2. SPT yang diterima terbatas pada SPT WP yang terdaftar di KPP sendiri; dan
3. SPT tanpa amplop tertutup, kecuali melalui Pos/ekspedisi.
Sumber: Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER - 48/PJ/2011 dan Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-19/PJ/2009.
